Як тільки їжа потрапляє у шлунок, вона піддається подальшим ритмам. Рухи в шлунку, звані перистальтикою шлунка, ще більше здавлюють, розріджують і змішують їжу. Патогенні мікроорганізми, які могли потрапити до рота, гинуть у шлунку від соляної кислоти, а білки розщеплюються.
Зі шлунка їжа потрапляє у верхній відділ тонкого кишечника – дванадцятипалу кишку. Тут їжа піддається впливу соку підшлункової залози та ферментів тонкого кишечника, який сприяє перетравленню жирів, білків та вуглеводів. Тут же їжа обробляється жовчю, що виробляє печінку.
Зазвичай їжі потрібно від 6 до 8 годин, щоб пройти через шлунок до тонкої, а потім і товстої кишки. Як тільки частково перетравлена їжа благополучно потрапляє в товсту кишку, вона може залишатися там більше доби і розщеплюватися далі.
Згідно з деякими даними, якщо приймати їжу лежачи, то через швидкість евакуації їжі зі шлунка вуглеводи розщеплюються і засвоюються повільніше, ніж коли ми їмо сидячиА це допомагає уникнути стрибкоподібного надходження глюкози в кров і пов'язаних з цим різких коливань рівня інсуліну.