У ході серіалу Рей Аянамі вмирала принаймні двічі. У цих випадках вона, мабуть, була відроджена за допомогою системи псевдопілота та маси клонованих тіл. У процесі вона втрачає останні спогади, але в епізоді 23 вона, мабуть, може визнати, що третя інкарнація.
Вона померла 2004 року в результаті контактного експерименту з Євою-01, але її душа живе в ній як доказ вічного існування людини.
Незважаючи на те, що ніколи не стверджувалося прямо, чия саме душа знаходиться в Єві–03, Найімовірніше, що це душа матері Тодзі. У Єві-01 перебуває душа Юї Ікарі, матері Ікарі Сіндзі, а в Єві-02 — душа Кеко Цепелін Сорью, матері Аскі Ленглі Сорью.