Гастродуоденіт з підвищеною кислотністю лікують антацидами та інгібіторами протонної помпи. Захворювання, що супроводжується зниженою кислотністю або порушеннями у роботі підшлункової залози, потребує призначення ферментів. Якщо аналіз Helicobacter pylori позитивний, застосовують антибіотики.
Найчастіше при хронічному гастродуодягніть загострення буває восени та/або навесні. Цей період може тривати до 2 місяців. При цьому больовий синдром зазвичай проходить протягом 10 днів.
Загострення гастродуоденіту може виникнути несподівано у вигляді нападу, коли на голодний шлунок після сну відчуваються болі у верхній частині живота (приступ, а потім розслаблення, як при сутичках), що супроводжуються нудотою та блюванням.