У заповіднику зростає понад 1150 видів вищих судинних рослин (за даними на 2021 р.), лісами зайнято близько 70% території. Багато з них рідкісні, ендемічні та реліктові види. До Червоної книги Бурятії (2013) занесено 49 видів та 14 — до Червоної книги РФ.
Входить до складу об'єкта Світової спадщини ЮНЕСКО «Озеро Байкал». Найбільш численні у заказнику водоплавні птахи, особливо у період сезонних міграцій та гніздування. Тут гніздяться кряква, шилохвість, широконоска, червоноголова чорніти.
Тваринний світ Байкальського заповідника На території зони, що охороняється, розмістилося понад 500 видів пернатих. З хижаків тут часто зустрічається шуліка, яструб і канюк, трохи рідше чубатий осоїд і малий перепелятник. Водоплавних птахів, незважаючи на наявність прибережної смуги Байкалу, тут мешкає небагато.