Згідно з результатами нещодавньої реконструкції, проведеної вченими, на місці Сахари плескалися хвилі Транссахарського моря, що покривало 3 тисячі квадратних кілометрів суші Щоправда, це було приблизно 50–100 мільйонів років тому. Саме цим часом датуються знайдені в пустелі останки древніх морських тварин.
Приблизно шість тисяч років тому Сахара була зеленою та квітучою, але потім щось сталося, і вона перетворилася на пустелю. Що саме трапилосядо кінця незрозуміло. Серед можливих пояснень – зміни циркуляції в атмосфері над тропічним поясом та зміна нахилу земної осі.
Під пісками Сахари розташовуються великі басейни підземних вод, включаючи артезіанські. Ці басейни в основному присвячені континентальним нижньокрейдовим пісковикам і забезпечують водою оази.
Історія цукру почалося близько 10 тисяч років тому з цукрової тростини — багаторічної рослини, батьківщиною якої вважається Нова Гвінея.