8 вересня 1727 року піддався опалі, позбавлений майна, титулів, звань та нагород. Під арештом з 8 вересня 1727 по 4 квітня 1728 року, потім засланий із сім'єю до Сибіру, де через півтора року помер.
8 вересня 1727 р., Меншиков був звинувачений у державній зраді та розкраданнях скарбниці. Він зазнає царської опалі, а потім і арешту. Все майно було конфісковано, а Меншиков з родиною був засланий до острогу Березів, де невдовзі й помер.
У Сибіру 1729 року вирувала епідемія віспи, і від неї Олександр Меншиков помер 23 листопада 1729 року у віці 56 років. Він був похований біля тієї самої церкви, яку збудував своїми руками.