Складки внутрішньої мембрани глибоко входять у матрикс мітохондрій, утворюючи поперечний перегородки – кристи. Простір між зовнішньою та внутрішньою мембранами зазвичай називають міжмембранним простором. Різні типи клітин відрізняються один від одного як за кількістю та формою мітохондрій, так і за кількістю христ.
Внутрішня мембрана складається з безлічі складок, які називаються кристи, які значно збільшують поверхню мембрани та розбивають внутрішній простір мітохондрії на компартменти. Між собою кристи поєднуються особливими перемичками білкової природи, які допомагають підтримувати їхню форму.
Крісти — це складки внутрішньої мембрани мітохондрій. Назва походить від латів.
Внутрішня мембрана мітохондрії на відміну від зовнішньої немає спеціальних отворів для транспорту дрібних молекул та іонів; на ній, на боці, зверненій до матрикса, розташовуються особливі молекули АТФ-синтази, що складаються з голівки, ніжки та основи. При проходженні них протонів відбувається синтез АТФ.