МРТ допомагає виявити патології будови кишечника, неспецифічний виразковий коліт, пухлини, ракові метастази з інших органів, дивертикули (випинання стінок), сторонні тіла, поліпи.
Томаграфічні знімки можуть показати рак кишечника та інші пухлинні утворення, наприклад: фібросаркоми, метастази, аденокарциноми, лімфоми, нейроендокринні пухлини, ліпоми, лейоміоми, кавернозні гемангіоми, фіброзні поліпи, аденоми, гіперпластичні поліпи, гамартоми Пейца-Енерса.
МРТ прямої та товстої кишки (кишечника) показує анатомію цієї частини кишечника, очеревини та сусідніх органів малого тазу, судинну систему – артерії та вени, лімфатичні вузли та кістки тазу. МРТ пряма кишка відома також як МР-колоноскопія, а МРТ тонкого кишечника – як МР-ентерографія.