Бактеріальна клітина складається з клітинної стінки, цитоплазматичної мембрани, цитоплазми з включеннями та ядерного апарату, який називається нуклеоїдом. Є інші структури: мезосома, хроматофори, тилакоїди, вакуолі, включення полісахаридів, жирові крапельки, капсула (мікрокапсула, слиз), джгутики, пилки.
У бактеріальної клітини немає ядра, мітохондрій і пластид. Клітина бактерії складається зі стінки, всередині якої зосереджена цитоплазматична рідина. Через клітинну стінку в клітину надходять поживні речовини. Залежно від умов навколишнього середовища, деякі бактеріальні клітини утворюють внутрішню капсулу.
Через клітинну стінку в бактеріальну клітину потрапляють поживні речовини, а з клітини видаляються продукти обміну. У багатьох бактерій над клітинною стінкою є ще слизова капсула, яка слугує захистом від втрати води.
Клітинна стінка визначає форму бактеріальної клітини. Поверх клітинної стінки є слизова капсула, або слизовий шар, який виконує захисну функцію. Під клітинною стінкою розташовується плазматична мембрана (див. її будову в еукаріотів).